Enligt min erfarenhet, som i och för sig inte är så väldigt omfattande, är nedsatt och rubbad oftast synonyma med varandra. Men ibland kan det nog vara skillnad -- om en funktion är nedsatt kan man säga att den är störd/rubbad, men en störd/rubbad funktion är inte nödvändigtvis nedsatt, den kan ju också vara förhöjd eller "fel" på något sätt. Smakrubbningar kan betyda att man känner vissa smaker starkare eller får onormala smaksensationer. Men när det gäller lungfunktionen kan den väl knappast vara annat än nedsatt?

Jag antar att det dels beror på sammanhanget, och kanske också sedvänja -- vilket uttryckssätt är vanligast helt enkelt.